En effet, les entreprises fixent leurs propositions de prix en fonction des pénalités mentionnées et lorsqu'elles sont trop élevées elles peuvent être dissuasives, et elles ne candidatent pas pour le marché. Ceci rompt ainsi le principe d'égalité d'accès à la concurrence et le principe d'égalité des chances car certaines entreprises ayant des affinités avec l’acheteur, présentent des offres en sachant que les pénalités ne seront pas appliquées : il s’agit ainsi d’un moyen détourné de favoriser des entreprises.
La ministre, dans sa réponse publiée au JO du Sénat le 21 février 2008, énonce que l’acheteur reste libre de fixer et surtout de demander ou non les pénalités de retard aux entreprises en fonction des circonstances qui imposent parfois l’indulgence de la personne publique. Enfin, si un acheteur indique « à un candidat, par quelque moyen que ce soit, que les pénalités de retard prévues par le marché ne lui seraient pas appliquées, lui permettant, ce faisant, de présenter une offre ou de proposer un prix plus faible dans son offre, pourrait être poursuivi pour délit de favoritisme, en application des dispositions de l'article L. 432-14 du code pénal ». Ceci pourrait également conduire à l'annulation de la procédure de passation du marché, voire à l'annulation du marché lui-même en raison de la méconnaissance du principe d'égalité de traitement et de transparence des procédures prévu à l'article 1er du code des marchés publics.
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